文章题目：肠道化生的时空基因组分析揭示了胃癌进程中的克隆动态

发表时间：2023年第12期

期刊名称：Cancer Cell

影响因子：5.03

实验平台：单细胞测序，GeoMx DSP，全外显子测序（WES），bulk RNA-sequencing

实验面板：定制胃癌面板（277个基因，来源于TCGA及其他研究中报道的与胃、食道和结直肠癌相关的突变基因）

01 样本信息

①患者信息：本研究涉及2,980名年龄在50岁及以上的中国患者。

②时间跨度：样本数据覆盖2004年至2015年。

③取样区域：从多个胃部区域（如幽门、胃体、贲门）获取样本。

02 单细胞空间组学在研究中的应用

单细胞测序：通过对10名非癌症受试者进行单细胞RNA测序，识别出4个主要细胞群体，包括胃细胞群、肠道细胞群、免疫细胞群和基质细胞群。针对胃和肠谱系进行逐层注释，确认了2种胃细胞及4种肠细胞的存在。通过细胞比例的分析，发现肠道细胞和胃细胞的比例减少与肠道化生(IM)的严重程度相关。同时，SOX9基因在特定细胞类型中（如胃LYZ+细胞和肠道干细胞）表现出高表达。

GeoMx DSP： 选取8个胃癌患者的组织切片进行数字空间基因组学（DSP）检测，整合scRNA-seq数据以确定细胞类型的空间分布，并将每个IM区域标记为“干细胞显性”或“肠细胞显性”。富集分析结果显示，干细胞显性IM区域过表达氧化磷酸化基因集，这些基因在胃癌区域也表现出显著表达。通过对肠干细胞和肠细胞的标记物进行分层聚类分析，发现干细胞显性IM与恶性细胞群表现出相似的基因表达特征，而肠细胞主导型IM则显示出明显的异质性，提示即使在同一受试者中，IM也具有显著的多样性。

文章总结

本研究通过联合单细胞空间数据分析，确认了肠道细胞和胃细胞与IM严重程度之间的相关性，并揭示了干细胞显性IM与恶性细胞群相似的基因表达特征，其中SOX9在特定细胞类型（如胃LYZ+细胞和肠道干细胞）中表现出高表达。这些发现为胃癌的早期检测和精准治疗提供了重要的生物标记。

我们期待着利来国际在生物医疗领域的更多创新，为基础和临床研究提供重要支持，并助力推动胃癌的早期诊断和治疗进展。